Su origen parece haber sido en la antigua iglesia de San Juan, donde radicaba como Monasterio en el año 1124. Como Monasterio del Císter fue fundado por Doña Teresa, hija de Alfonso VII, en 1142, trayendo monjes franceses de Claraval. Otros autores lo dan como cisterciense en el año 1153, en que tomó la advocación de Santa María. En el año 1528 se unió a la Congregación del Císter, en España, comenzando entonces la reconstrucción del edificio, incluso la iglesia, perteneciendo la mayoría de las obras al siglo XVI. La iglesia, esbelta, presenta una planta de cruz latina con tres naves de cinco tramos en el brazo mayor; brazos laterales marcados en planta, cinco capillas rectangulares, la central mayor. Las naves tienen bóvedas de crucería de supervivencia ojival, con lunetos y artesonado